学院拥有“数理经济学”教育部重点实验室和“政治经济学”国家级教学团队。拥有理论经济学一级学科博士点和硕士点，其中，经济思想史是国家重点学科，西方经济学是上海市重点学科，《政治经济学》为国家级精品课程。
学院本科设有经济学专业，下设数理经济实验班、数量经济方向（中外合作办学项目）、国家经济学基础人才培养基地（基地班）、劳动经济学和世界经济等五个专业方向；其中数理经济学方向、国家经济学基础人才培养基地（基地班）、劳动经济学和世界经济等四个专业方向为宽口径招生方向，数理经济实验班在新生入学后从全校选拔，其他三个专业方向在三年级开始分班学习。
经济学：培养具有国际性视野和前瞻性思维，系统掌握中国社会主义市场经济理论和政策，通晓现代经济学分析方法和财经专业知识的高层次专业人才。
本专业实行按专业招生，学生在修完一、二年级的基础课程后，将根据学习兴趣、学习成绩、市场需求等分别编入国家经济学基础人才培养基地班、世界经济方向和劳动经济方向等三个专业方向学习。
国家经济学基础人才培养基地班：上海财经大学“国家经济学基础人才培养基地”（以下简称“基地”）是1998年教育部首批批准设立的13个经济学基地之一，由经济学院承建。基地班旨在培养经济学基础扎实、知识面宽、综合素质高、业务能力强，德、智、体全面发展，并具有国际视野和前瞻性思维的高层次社会主义市场经济理论研究和综合经济管理人才。基地班学生配备专业导师，享有特殊专业奖学金，每年有约三分之一的优秀毕业生能够免试直升硕士研究生。2007年12月被批准立项为“国家级人才培养模式创新试验区”，以“国家经济学基础人才培养基地”（基地班）和“数理经济学专业方向”（数理经济学实验班）为主体，是教育部、财政部共同批准并拨款的首批国家级人才培养模式创新实验区之一。
主要专业课：经济学思想与方法、政治经济学、中级微观经济学、中级宏观经济学、计量经济学、国际经济学、中国经济史与经济思想史、外国经济史与经济思想史、《资本论》选读、管理学、财政学、会计学、货币银行学、博弈论与信息经济学、产业经济学等等。
多年来，“基地”培养了一大批经济学基础扎实、知识面宽、综合素质高、业务能力强、具有国际视野和前瞻性思维的高层次人才，近半数毕业生进入国内和国外著名高校攻读研究生；其余的毕业生进入国家机关及中外金融企业集团从事研究和综合经济管理工作。
数理经济实验班：实验班属于“国家级人才培养模式创新试验区”。数理经济学运用数学模型，通过严密的逻辑推导，研究人们经济行为所产生的结果，通过揭示经济变量之间的内在逻辑关系，解释社会经济现象，并为经济问题的定量研究与预测提供理论指引。数理经济实验班旨在培养具有扎实现代经济学专业基础，同时掌握高深的数理分析方法，能从事经济、金融、财务、管理理论研究和实际工作的高层次创新人才。
主要专业课：经济学思想与方法、中级微观经济学、中级宏观经济学、高级微观经济学、博弈论与信息经济学、政治经济学、计量经济学、随机过程、实变函数、常微分方程、最优化理论、精算数学等。
学生毕业后主要是到国内外高校升学进一步深造，同时也适合对理论分析和定量研究较高的经济管理、金融行业工作。
世界经济：该方向旨在培养系统掌握经济学基本原理和国际经济、国际贸易的基本理论，掌握国际贸易的基本知识，了解主要国家和地区的社会经济状况，熟悉通行的国际贸易规则和惯例，具有从事对外经济贸易工作基本技能的复合型人才。
主要专业课：经济学思想与方法、中级微观经济学、中级宏观经济学、高级微观经济学、政治经济学、计量经济学、国际经济学、国际商务、跨国公司与直接投资、管理学、财政学、会计学、货币银行学等。
学生毕业后可在外向型企业、外贸公司、政府对外经济贸易管理部门、相关事业单位和科研院所等从事国际经济与贸易的业务、管理、调研和宣传策划工作。
劳动经济学：该方向初建于上世纪八十年代初期，是我国自“文革”以后最早设立的劳动经济学教学和研究点之一，当时素有“北有人大，南有财大”之称。劳动经济学方向旨在培养具有扎实的经济学与管理学理论基础，掌握国内外劳动经济学与人力资源管理的理论和方法，熟悉我国劳动经济政策和实践，具备研究、参与和实践劳动经济与人力资源管理能力的高级专门人才。
主要专业课：经济学思想与方法、中级微观经济学、中级宏观经济学、高级微观经济学、政治经济学、计量经济学、国际经济学、劳动经济学、劳动关系学、人力资源管理、劳动法学、管理学、会计学、货币银行学、统计学等。
学生毕业后适合在国家机关政府部门从事劳动与社会保障管理、企事业单位从事人力资源管理、劳动事务咨询工作。
数量经济（中外合作项目）：数量经济学包括实证经济学和计量经济学。实证经济学研究的是如何从观察数据中找到显著而稳健的证据去支持或否定经济理论，或者挖掘经济变量之间的量化关系，其目标是：检验经济理论和预测经济现象；计量经济学是经济学和统计学的交叉学科，它是研究分析经济数据的模型和方法的一门方法论学科，它为经济学实证研究提供方法论。
数量经济学方向旨在培养具有扎实经济学理论基础、熟练掌握数量经济分析方法，知识面较宽，具有向经济学相关领域扩展渗透的能力，能在综合经济管理部门、政策研究部门、金融机构和企业从事经济分析、预测、规划和经济管理工作的高级专门人才。该方向为上海财经大学与英国南安普顿大学的联合培养项目。
主要专业课：经济学思想与方法、中级微观经济学、中级宏观经济学、数理统计、计量经济学、现代财务理论、经济数据分析软件、金融计量学、经济优化理论、数理经济学等。
学生毕业后，适合在国家机关、金融机构、工商企业等单位从事市场预测、计划控制及决策、管理方面的实务工作，也适合到国内外高校进一步深造。